Auch innerhalb der letzten Fließstrecken zeichnet sich aus wasserbaulicher wie aus ökologischer Sicht ein zunehmend desolater Zustand ab. Nachdem die Staustufen den Kiestransport seit Jahrzehnten rigoros unterbrechen, liegt heute in weiten Bereichen des Flussbettes der Flinz frei, eine Schicht, die bei natürlichen Verhältnissen von Kies bedeckt wäre. In dieser weichen Schicht tieft sich der kanalisierte Lech weiter und zunehmend beschleunigt ein. Die Folgen, u. a. ein Sinken des Grundwasserspiegels, wirken sich bis weit in die Aue hinein aus.

Die Anzahl der nach der Verbauung ausgestorbenen Pflanzen- und Tierarten ist erschreckend.

Zwischen Füssen und Augsburg brütet heute am Lech so gut wie kein Kiesbankbrüter mehr. Von den einstigen Schwärmen wandernder Fische sind nur noch wenige und überalterte Restpopulationen vorhanden. Erloschen sind am außeralpinen Lech die Deutsche Tamariske, der Zwerg-Rohrkolben, die sogenannte Schwemmlingsflur, die gesamte Heuschreckenfauna der Kies- und Sandbänke und zum großen Teil die wildflusstypischen Pionierarten.

Längere Fließstrecken weist der bayerische Lech nur noch in der Litzauer Schleife, im Naturschutzgebiet „Stadtwald Augsburg“ und, freilich nur mit minimalem Wasserstand, in Höhe des Lechkanals nördlich von Augsburg auf.

Trotz dieses fortschreitenden Artenverlustes sind die letzten Auenreste, Heiden, Quellfluren, Auebäche und Auwälder in feuchter und trockener Ausprägung noch immer einzigartig. Sie sind unersetzbare Refugien für viele vom Aussterben bedrohte Pflanzen- und Tierarten. Nicht wenigen dieser Bereiche ist aufgrund ihrer besonderen Biotop- und Artenvielfalt ein europäischer Schutzstatus zuerkannt (sogenannte FFH-Gebiete). Noch immer landesweit bedeutend ist auch die Fischfauna der letzten Fließstrecken.

Alles in allem sind die Reste der einstigen Wildflusslandschaft auch heute noch ein Zentrum der Biodiversität (= der biologischen Vielfalt). Noch immer fungiert, wenn auch zunehmend eingeschränkt, das Lechtal als „Biotopbrücke“ zwischen den großen Naturräumen Alpen und Alb.

Es ist das Anliegen der Lechallianz, diese Naturräume für die Nachwelt zu erhalten. Dies kann mittel- und langfristig nur geschehen, wenn endlich grundlegende Maßnahmen ergriffen werden (siehe unter: Der Lech morgen).

Alle unabhängigen Experten sind sich einig, dass der seit Jahrzehnten vom ehrenamtlichen Naturschutz geforderten Flussrenaturierung eine Schlüsselrolle zukommt. Deshalb hat sich die Lechallianz mit Unterstützung weiter Kreise aus der Bevölkerung vehement gegen die Errichtung eines Kraftwerkes mitten im Naturschutz- und FFH-Gebiet „Stadtwald Augsburg“ bei Flusskilometer 50,4 ausgesprochen, nach hartem Ringen zunächst einmal mit Erfolg. Das von der E.ON Kraftwerke GmbH geplante Kraftwerk hätte die bestehenden Verhältnisse im wahrsten Sinne des Wortes zementiert und damit alle Bemühungen einer von der Lechallianz seit Jahren geforderten Flussrenaturierung (siehe dazu „Licca liber“) konterkariert.